9月16日0时至24时，31个省（自治区直辖市）和新疆生产建设兵团新增84人感染。其中国外进口病例22例（云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例），包括无症状感染者转为感染确认病例（浙江1例，河南1例）2例。大陆病例62例（福建省61例，厦门市31例，蒲田市28例，泉州市1例，漳州市1例；云南省德宏自治州（傣族、景颇族、1例，无症状感染者确认感染的福建省1例。没有新的死亡者。新疑似感染病例有2例，均为从海外进口病例（均为上海）
当天，新治愈出院者45人，解除医学观察的密切接触者661人，重症患者比前一天增加了1人。
确认从海外进口的患者有587人（其中重症者3人），疑似感染的患者有2人。累计确诊8754人，痊愈出院8167人，无死亡。
截至9月16日24时，来自31省（自治区直辖市）和“新疆生产建设兵团”的报告显示，目前已确认感染的有916人（其中重症5人），治愈出院90025人，死亡4636人，确诊9.5577人，疑似感染2人。累计密切接触者117万7935人，医学观察中的密切接触者1万5875人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告了新的无症状感染者20人。其中从海外进口14人，从本土进口6人（均为福建省蒲田市）当天确认感染的有3例（从海外进口2例）当日解除医学观察12例（国外进口11例）；医学观察中无症状感染者378人（海外进口359人）
来自香港澳门台湾地区的感染确认件数累计为2万8227件。香港特别行政区1万2149件（出院1万11862件，死亡213件），澳门特别行政区63件（出院63件），台湾地区1万6115件（出院1万3742件，死亡839件）
值得一提的是，就目前的流行趋势，河南省表示新冠病毒疫苗的免疫接种强化工作即将开始。对于两次灭活疫苗接种完成6个月后的18-59岁重点人口，加强免疫需要间隔6个月。2021年9月、10月、11月依次对3月1日以前、4月1日以前、5月1日以前完成2次灭活疫苗接种的人群进行免疫强化。
截至目前，河南省累计接种了1.41亿次新冠病毒疫苗，完成2次接种的有6461万人（包括只接种1次的腺病毒疫苗），疫苗接种总数达7346.9800万人。18岁以上人群，河南省第二次任务完成率为84.8%。
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